產品介紹
CLC Genomics Workbench是第一個綜合分析系統(tǒng)，它能快速分析和顯示新一代測序平臺數(shù)據(jù)包括Illumina的Solexa, Roche 454的GS, ABI的SOLiD, Helicos的HeliScope。通過使用該平臺,科學家可以輕松地使用自主研發(fā)的算法來支持和擴展工作流程，其界面友好而直觀，操作簡便，易于掌握。
產品功能
End-to-end的NGS數(shù)據(jù)分析
CLC Genomics Workbench是一個強大的軟件，由專業(yè)人士開發(fā)的為相關人員進行分析和可視化下一代測序(NGS)數(shù)據(jù)。它的尖端技術融合了獨特的特性和算法，被業(yè)界和學術界的科學領袖廣泛使用，以克服與數(shù)據(jù)分析相關的瓶頸挑戰(zhàn)。
SNP檢測
CLC Genomics Workbench提供基于NQS（Neighborhood Quality Standard）算法的自動化SNP檢測。如果參考序列帶有ORF或者CDS注釋，SNP檢測也將報告該SNP是同義突變還是非同義突變。如果SNP導致翻譯產生的蛋白質中的氨基酸發(fā)生改變，那么新的氨基酸將被報告。而它的圖形用戶界面能讓用戶輕松識別SNP，在或大或小的基因組區(qū)段都能獲得SNP的全貌圖。
多樣本分析
在進行不同樣品的批量測序時，通過使用多樣本分析技術可以在同一流程中運行多個樣本。通常情況下，不同樣品的reads很難分離。因此，來自同一樣本的reads被放在一起分析。
CLC Genomics Workbench支持大量多樣本方案，包括基于名稱的多種類型的多樣本方案及基于標簽或條碼的多樣本方案。
小RNA分析
CLC Genomics Workbench可對SOLiD、Illumina和454系統(tǒng)產生的小RNA序列進行分析。分析的第一步是接頭的去除及從多樣本數(shù)據(jù)中提取某一樣本的數(shù)據(jù)，然后進行標簽計數(shù)，最后利用miRBase 及其他數(shù)據(jù)資源對小RNAs進行注釋。在前體或成熟的miRNA水平上可進行分組注釋。最終的結果可利用表達分析工具來查看和分析。
表觀基因組學分析
CLC Genomics Workbench含有全套整合的ChIP測序分析方案，用戶可輕松將數(shù)據(jù)比對到參考序列，而得到ChlP測序結果的高級視圖和圖表輸出。數(shù)據(jù)可以是基于ChlP的單個樣本信息，也可以是ChlP樣本和對照樣本的比較信息。
定制化服務
CLC bio為CLC Genomics Workbench和CLC Genomics Server提供一個免費的基于Java的軟件開發(fā)工具包（SDK）。用戶使用這個軟件開發(fā)工具包，可以將自有算法整合到我們的產品中。此外，我們還能根據(jù)客戶的特定需求，為CLC Genomics Workbench和CLC Genomics Server設計和開發(fā)定制化的附加模塊。這無疑成為客戶提高研究速度和研究質量的一種快速而經濟的方法。
產品特色
Read mapping
CLC Genomics Workbench的序列比對功能支持short reads、long reads及paired reads；支持空位比對和非空位比對；支持Illumina Genome Analyzer 、Sanger、454和SOliD的測序數(shù)據(jù)。
只要計算機有足夠的內存，CLC Genomics Workbench可以將序列比對到任意大小的基因組上。在一臺內存為16G的標準配置的計算機上，可以進行10倍于人類基因組數(shù)據(jù)的序列比對。
De novo assembly
CLC Genomics Workbench的De novo assembly功能支持short reads、long reads及paired reads；支持Illumina Genome Analyzer 、Sanger、454和SOliD的測序數(shù)據(jù)；可拼裝任意大小的基因組。
Read mapping &De novo assembly同時支持不同類型數(shù)據(jù)的分析。例如，可在同一分析中對Sanger數(shù)據(jù)、454 single read數(shù)據(jù)和Illumina paired end數(shù)據(jù)進行從頭拼裝。使用該功能，用戶無需進行枯燥的數(shù)據(jù)運算，顯著減少了手工作業(yè)量。
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