產(chǎn)品介紹
Ingenuity Pathway Analysis (IPA)是一款基于云計(jì)算的圖形化界面生物信息學(xué)軟件，適用于組學(xué)數(shù)據(jù)和SNP微陣列等數(shù)據(jù)的分析、整合和理解。IPA還適用于生成基因、化合物的各類小規(guī)模實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)分析。IPA從生物學(xué)通路角度，助您挖掘?qū)嶒?yàn)數(shù)據(jù)中隱藏的生物學(xué)意義，揭秘實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)價(jià)值。
產(chǎn)品功能
轉(zhuǎn)錄組學(xué)
適用于分析幾乎所有的轉(zhuǎn)錄組學(xué)相關(guān)的問題和應(yīng)用
代謝組學(xué)
為代謝物數(shù)據(jù)分析細(xì)胞生理學(xué)和新陳代謝提供關(guān)鍵性內(nèi)容
蛋白質(zhì)組學(xué)
全面性分析蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)，深度理解蛋白及與其相關(guān)的生物學(xué)過程
毒理基因組學(xué)
對(duì)候選化合物毒性和安全性進(jìn)行評(píng)估
藥物重新定位
比較已批準(zhǔn)藥物表達(dá)譜和病變組織表達(dá)譜，可能會(huì)發(fā)現(xiàn)這些藥物的新作用
發(fā)現(xiàn)靶標(biāo)
在病理?xiàng)l件下被激活的基因，是探索疾病治療的可能性靶標(biāo)
microRNA 研究
鑒定microRNA 研究中生物性最相關(guān)的靶標(biāo)
發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)志物
鑒定實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)集中最具潛力和最相關(guān)的生物標(biāo)志物候選物
IPA支持的物種
1）人類、大鼠和小鼠
2）其他可以找到人類、大鼠和小鼠的直系同源基因的物種，如：擬南芥（Arabidopsis thaliana）、斑馬魚（ Danio rerio ）、果蠅（Drosophila melanogaster）等
產(chǎn)品優(yōu)勢
Ingenuity Knowledge Base是IPA核心的內(nèi)容，是一個(gè)專業(yè)的生物學(xué)相互作用和功能注釋的數(shù)據(jù)庫，收集了蛋白質(zhì)、基因、化合物、細(xì)胞、組織、藥物和疾病之間的數(shù)百萬個(gè)關(guān)系模型。這些關(guān)系模型或Finding包含了大量的詳細(xì)信息，可以鏈接到原始文獻(xiàn)。這些內(nèi)容由數(shù)百位博士科學(xué)家整理并經(jīng)過多輪審閱，保證了信息的準(zhǔn)確性。Knowledge Base內(nèi)容被整理為本體論（ontology），通過內(nèi)容信息、應(yīng)用計(jì)算和異名來保證查詢結(jié)果一致性。因此，Ingenuity Knowledge Base具有的獨(dú)特優(yōu)勢，是其他數(shù)據(jù)庫不可比擬的。
Ingenuity Knowledge Base信息來源和內(nèi)容組成圖示
IPA被引用次數(shù)
IPA 優(yōu)越的性能受到了大量用戶的青睞，被生命科學(xué)領(lǐng)域研究學(xué)者廣泛使用，助力科學(xué)研究成果。
2003年~2015年IPA?被引用累積次數(shù)
分析結(jié)果示例
經(jīng)典通路
尼羅河病毒感染巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，參與胞質(zhì)模式識(shí)別受體通路，通路處于激活狀態(tài)。
胞質(zhì)模式識(shí)別受體通路圖示
西尼羅病毒感染巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)集中基因的表達(dá)產(chǎn)物參與胞質(zhì)模式識(shí)別受體通路，數(shù)據(jù)集中基因的表達(dá)產(chǎn)物在圖中被紫色圈標(biāo)示。圖中紅色背景的分子表示對(duì)應(yīng)的基因表達(dá)上調(diào)，而綠色背景的分子表示對(duì)應(yīng)的基因表達(dá)下調(diào)。這些基因表達(dá)上調(diào)或下調(diào)總體使胞質(zhì)模式識(shí)別受體通路處于激活狀態(tài)。另外，通過圖示，我們可以看到這些參與胞質(zhì)模式識(shí)別受體通路的蛋白的亞細(xì)胞定位及某些蛋白之間具有調(diào)控作用。
調(diào)控子miR-34a-5p的調(diào)控效應(yīng)
成熟miR-34a-5p作為調(diào)控子的調(diào)控效應(yīng)圖示
miR-34a-5p對(duì)配體依賴性核受體PPARG、酶DLL1、激酶CDKN1A、跨膜受體ICAM1與CD47、轉(zhuǎn)錄調(diào)控子CCND1與ATF3，這7種蛋白表達(dá)具有抑制。miR-34a-5p通過這7個(gè)蛋白分子分別與5種生理過程有關(guān)：細(xì)胞擴(kuò)展、白細(xì)胞綁定、吞噬細(xì)胞的趨化性、肌肉細(xì)胞遷移和平滑肌細(xì)胞運(yùn)動(dòng)。miR-34a-5p表達(dá)降低時(shí)，7個(gè)蛋白分子表達(dá)量增加，其中PPARG的表達(dá)量降低，這與Ingenuity Knowledge Base中信息相悖，在圖中使用黃色錢表示。相應(yīng)地，miR-34a-5p表達(dá)降低時(shí)，促進(jìn)與其相關(guān)的5種生理過程。
調(diào)控子FOXM1調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（三陰性乳腺癌）
調(diào)控子FOXM1調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖示
對(duì)三陰性乳腺癌（TNBC）組織的RNA測序結(jié)果進(jìn)行IPA分析，通過分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)TNBC的關(guān)鍵基因有146個(gè)，分析這些基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)，進(jìn)而發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄因子FOXM1調(diào)控一個(gè)重要的網(wǎng)絡(luò)，如圖所示。FOXM1直接調(diào)控13個(gè)基因，這13個(gè)基因又直接調(diào)控其他32個(gè)關(guān)鍵基因?？傊現(xiàn)OXM1調(diào)控146個(gè)關(guān)鍵基因中的45個(gè)基因，F(xiàn)OXM1是三陰性乳腺癌的一個(gè)關(guān)鍵調(diào)控子。
因果網(wǎng)絡(luò)
PRKRA作為主調(diào)控子，通過調(diào)控IRF1、IRF3、IRF7、DDX68、STAT1與EIP2Ak2，6個(gè)調(diào)控子，調(diào)控?cái)?shù)據(jù)集中在ATP5A1、TPRD7與IFITM2等12個(gè)基因表達(dá)。另外，調(diào)控子PRKRA與白細(xì)胞激活有關(guān)。
申請(qǐng)?jiān)囉?/p>
微信公眾號(hào)
