擴(kuò)增子測(cè)序,又名微生物多樣性測(cè)序,即對(duì)特定長(zhǎng)度的PCR產(chǎn)物包括16S rDNA、18S rDNA及ITS等區(qū)域進(jìn)行高通量測(cè)序。擴(kuò)增子測(cè)序通常是選擇某個(gè)或某幾個(gè)變異區(qū)域,利用保守區(qū)設(shè)計(jì)通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,然后對(duì)高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序和微生物群落結(jié)構(gòu)分析,有效的規(guī)避了傳統(tǒng)微生物不可培養(yǎng)的缺點(diǎn),獲得環(huán)境樣本中的微生物群落結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系以及微生物與環(huán)境相關(guān)性等信息。
宏基因組學(xué),又名元基因組學(xué)(Metagenomics),從環(huán)境樣品中提取出的全部微生物DNA出發(fā),構(gòu)建宏基因組文庫(kù),并利用測(cè)序技術(shù)進(jìn)行DNA測(cè)序,在分析微生物多樣性、微生物群落結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系的基礎(chǔ)上,進(jìn)一步研究環(huán)境微生物群落的功能、互作關(guān)系及代謝網(wǎng)絡(luò),不僅能夠告訴我們?cè)跇悠分小岸加心男┪⑸??”,還能夠告訴我們“它們?cè)诟墒裁??”?/p>
宏病毒組(Virome),是在宏基因組學(xué)理論上,結(jié)合現(xiàn)有的病毒分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù),突破傳統(tǒng)技術(shù)方法局限而興起的一個(gè)新的學(xué)科分支。宏病毒組直接以環(huán)境中所有病毒的遺傳物質(zhì)為研究對(duì)象,能夠快速準(zhǔn)確的鑒定環(huán)境中所有的病毒組成,從而是一種發(fā)現(xiàn)新病毒,監(jiān)控病毒變異的病毒學(xué)研究的有力手段。
基因組重測(cè)序指對(duì)已知基因組序列的物種或者近緣物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測(cè)序,并在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析。細(xì)菌重測(cè)序即指通過(guò)對(duì)單一菌落的細(xì)菌進(jìn)行高通量測(cè)序,并與近緣參考基因組進(jìn)行比對(duì),在個(gè)體或群體水平全面地挖掘基因序列差異和結(jié)構(gòu)變異如SNP、InDel、SV、CNV等信息,在全基因組水平上掃描并檢測(cè)與表型差異、致病和耐藥性、進(jìn)化等相關(guān)的變異信息。
微生物信息化平臺(tái)基于生物信息學(xué)、多組學(xué)整合、人工智能等多項(xiàng)技術(shù)的綜合運(yùn)用,并通過(guò)將BI與IT技術(shù)進(jìn)行整合,構(gòu)建了從數(shù)據(jù)整合、數(shù)據(jù)管理、工具訂制到數(shù)據(jù)可視化的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析平臺(tái),可實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)分析和科研及臨床醫(yī)學(xué)的深度融合。
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