16S rDNA是原核生物核糖體小亞基的組成部分,包含10個保守區(qū)域(Conserved Regions)和9個高變區(qū)域(Hypervariable Regions),其中,保守區(qū)為細菌共有,而高變區(qū)具有種屬特異性,其基因序列隨親緣關系不同而有一定的差異。因此,16S rDNA可以作為揭示生物物種的特征核酸序列,是細菌系統(tǒng)發(fā)育和分類鑒定的指標。16S rDNA擴增子測序技術是研究環(huán)境樣品中微生物群落組成結構的重要手段。
18S rDNA則是真核生物核糖體小亞基的組成部分,與16S rDNA類似,其序列中的高變序列區(qū)域能體現(xiàn)物種間的差異。對微生物群落進行分析時,16S rDNA主要用于原核生物多樣性的鑒定,而18S rDNA則主要用于真核微生物(原生動物、藻類、真菌等)多樣性的鑒定,根據(jù)研究需求的不同,可以選擇不同的擴增區(qū)域進行研究。