產(chǎn)品介紹
產(chǎn)品簡介
擴增子測序，即對特定長度的PCR產(chǎn)物或者捕獲的片段進行測序，主要包括16S rDNA測序、18S rDNA測序及ITS測序等。擴增子測序通常是選擇某個或某幾個變異區(qū)域，利用保守區(qū)設(shè)計通用引物進行PCR擴增，然后對高變區(qū)進行測序分析和菌種鑒定，具有所需樣本量少、高通量和高精確性等特點。
數(shù)據(jù)分析策略
1.從測序所得的原始數(shù)據(jù)出發(fā)，首先對原始數(shù)據(jù)進行質(zhì)控，得到有效數(shù)據(jù)（Clean Data）；
2.基于有效數(shù)據(jù)進行OTUs（Operational Taxonomic Units）聚類；
3.根據(jù)OTUs聚類結(jié)果，一方面對每個OTU的代表序列做物種注釋，得到對應(yīng)的物種信息，另一方面將各個樣品的有效數(shù)據(jù)，和代表序列進行比對，獲得對應(yīng)OTU在各個樣品中的豐度分布情況；
4.基于構(gòu)建好的OTU豐度表，獲得不同分類層級的物種豐度表；
5.基于OTU豐度表及不同分類層級的豐度表，進行樣品微生物群落組成分析；
6.基于OTU豐度表及不同分類層級的豐度表，進行Alpha多樣性和Beta多樣性分析；
7.根據(jù)研究需求，可選擇高級分析，深入挖掘樣品中的物種組成和差異。
數(shù)據(jù)分析內(nèi)容
| 分析類別 | 分析內(nèi)容 | |
| 樣品微生物群落組成分析 | 樣品菌落組成柱狀圖 | |
| Heatmap圖 | ||
| 樣品間OTU分布Venn圖 | ||
| Alpha diversity分析 | 多樣性指數(shù)統(tǒng)計 | |
| 稀釋曲線（Rarefaction Curve） | 多樣性組間差異 | |
| Chao1曲線 | ||
| Shannon-Wiener 曲線 | LEfSe分析 | |
| Rank-Abundance 曲線 | ||
| Beta diversity分析 | 樣品間相似性指數(shù) | |
| PCoA分析 | ||
| 樣品聚類分析 | ||
| 高級分析菜單 | RDA/CCA 分析 | NMDS分析 |
| 關(guān)聯(lián)分析 | Network分析 | |
| PICRUSt?分析 | 隨機森林分析 | |
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