結果展示
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根據(jù)各個樣品中unique基因的數(shù)目分布情況，繪制組間基因數(shù)目差異箱圖并進行統(tǒng)計學檢驗，通過箱圖來反映不同分組中基因數(shù)目的分布差異。
根據(jù)各個樣品在不同分類層級上的相對豐度分析結果，可以得知樣品在各分類水平上的物種組成比例情況，并通過三層扇形圖來反映樣品在不同分類學水平上的群落結構及差異。
腸型被定義為“聚焦在高維空間里的微生物組特征，是有限的宿主-微生物共生穩(wěn)態(tài)時的微生物群落結構”。根據(jù)各個樣本中微生物豐度分布，對樣本進行腸型劃分，可以根據(jù)腸型劃分情況明確飲食、年齡、疾病狀態(tài)等因素對腸道菌群多樣性的貢獻，從而更加準確的挖掘與疾病相關的腸道微生物。
腸道微生物不僅在菌種層面上多種多樣，而且同種細菌不同菌株的基因或基因拷貝數(shù)存在很大差異，這造成細菌功能的巨大差異，如耐藥、毒力等等，這些因素決定菌株對宿主健康的影響。通過挖掘各個樣本中功能基因簇以及基因簇的拷貝數(shù)的變化，比較不同樣本間關鍵功能的基因及基因拷貝數(shù)的差異。
不管是人腸道微生物還是其他環(huán)境微生物中，抗性基因是普遍存在的?？股氐臑E用導致人體和環(huán)境中微生物群落發(fā)生不可逆的變化，對人體健康和生態(tài)環(huán)境造成風險，因此抗性基因的相關研究受到了研究者的廣泛關注。通過對各樣本中耐藥基因的注釋和統(tǒng)計，并以Circos圈圖的形式展示，以此比較不同樣本中不同耐藥基因的分布差異。
根據(jù)各個樣本中基因豐度分布情況，計算各樣本中基于基因的Shannon多樣性指數(shù)，并通過箱圖比較不同分組間基因多樣性的差異。
LEfSe判別分析用于篩選組間具有顯著差異的物種和功能Biomarker，首先通過秩和檢驗的方法檢測不同分組間的差異物種和功能并通過LDA（線性判別分析）實現(xiàn)降維并評估差異物種和功能的影響大小，即得到LDA score。在宏基因組分析中，它可以從多個分組的數(shù)據(jù)出發(fā)，找到組間在豐度上有顯著差異的物種和功能Biomarker。
基于 KEGG 注釋結果針對某一特定的興趣通路研究不同樣本（不同分組）間的差異，繪制了代謝通路比較分析的交互圖；在代謝通路圖中，節(jié)點代表各種化合物, 方框代表酶類信息（默認邊框為黑色，背景為白色），不同顏色的方框代表注釋為該酶類的不同Unigenes數(shù)目，以此比較不同樣本間代謝功能的差異。
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