案例1、腸道微生物16s分析及IBS預(yù)測平臺

MetaDP 是可以對16S rRNA測序進行分析的自動化的軟件平臺。包括數(shù)據(jù)質(zhì)量控制、操作單元數(shù)聚類、多樣性分析、以及疾病風(fēng)險預(yù)測模型。同時基于MetaDP對108名兒童腸道菌群16S 測序數(shù)據(jù)的分析還建立了 對兒童腸道應(yīng)急綜合征的預(yù)測分析模型。MetaDP的應(yīng)用不止于IBS疾病模型的預(yù)測，還可以應(yīng)用到其他與腸道菌群有關(guān)的疾病，比如肥胖、代謝性疾病和腸癌的分析。

文章： MetaDP: a comprehensive web server for disease prediction of 16S rRNA metagenomic datasets[J]. Biophysics Reports, 2016, 2(5):106. DOI:10.1007/s41048-016-0033-4 PMCID: PMC5334392

案例2、環(huán)境與病原微生物檢測與監(jiān)控平臺

環(huán)境與病原微生物引發(fā)的公共安全事件時有發(fā)生，2003年全國范圍的SARS病毒、2006年四川豬鏈球菌疫情、2010年河南蜱蟲事件、2012年山東海域赤潮爆發(fā)事件、2013年人感染H7N9禽流感疫情等都引發(fā)重大社會影響，而短時間內(nèi)迅速鑒別出環(huán)境或者病原微生物的種類對于遏制事件的蔓延，消除社會恐慌具有重大意義。這要求相應(yīng)的監(jiān)測體系應(yīng)該具有時效性、準確性和科學(xué)性多個特點。協(xié)云基因基于此項需求，通過發(fā)展有效的檢測技術(shù)和監(jiān)測手段，建立了一套集檢測、分析、預(yù)警于一體的環(huán)境與病原微生物篩查方案。

技術(shù)優(yōu)勢：

※ 檢測效率高。從獲得樣本到給出檢測結(jié)果,分析時間小于24小時

※ 完善的信息化監(jiān)測平臺，可針對廣泛的監(jiān)測站點進行大規(guī)?？焖俨渴?/p>

※ 檢測通量高。范圍覆蓋到數(shù)萬種微生物

※ 全面的病原與環(huán)境微生物數(shù)據(jù)資源庫，對檢測產(chǎn)品進行有力的信息支持

※ 預(yù)測預(yù)警功能。對微生物的變化趨勢指標進行早期預(yù)測，及時發(fā)布預(yù)警信息

案例3、國家CDC流感疫苗株預(yù)測平臺

國家CDC流感疫苗株預(yù)測平臺是流感疫苗株預(yù)測與自動化推薦的WEB應(yīng)用平臺。該平臺無縫集成預(yù)測預(yù)警工具，建立了流感演化規(guī)律預(yù)測模型和流感危害程度早期預(yù)測模型，實現(xiàn)了流感疫苗WEB自動化推薦。中國國家流感監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)覆蓋31個省市，331個地級市，2870個區(qū)縣，408家網(wǎng)絡(luò)實驗室，554家哨點醫(yī)院。全球超過50%的疫苗株都來自CNIC。

文章：PREDAC-H3: a user-friendly platform for antigenic surveillance of human influenza a(H3N2) virus based on hemagglutinin sequences. Bioinformatics. 2016 Aug 15;32(16):2526-7.